De ventilatie van het systeem moet zeer zorgvuldig worden uitgevoerd. Enerzijds moet het fermentatiegas uit de septische putten worden verwijderd en anderzijds moet worden gezorgd voor een goede ventilatie van de Biorock behandeleenheid.
De in de BIOROCK handleiding aangegeven diameter is 100 mm. Dit is de Europese norm en het is vanuit die optiek dat het BIOROCK systeem de eerste certificeringstesten heeft doorstaan en in andere landen functioneert.
De diameter van 110 mm die in het Verenigd Koninkrijk op grote schaal wordt gebruikt, is een minimum. Om de nodige voorzorgsmaatregelen te nemen, zoals bij de installatie van elk sanitair ventilatiesysteem, mogen er geen 90°-bochten zijn. Het systeem zal perfect werken met bochten van 45° zonder omgekeerde helling. De diameter van de inlaatleidingen in de septic tank moet ten minste gelijk zijn aan de diameter van de afvoer van het effluent van het gebouw.